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Amorces, sonde et contrôle positif pour le variant Omicron du SARS-CoV-2 (virus de Covid-19), développés par le Centre Commun de Recherche (CCR) de la Commission Européenne (https://ec.europa.eu/jrc/en/news/efficient-tracing-omicron-new-pcr-test) :

Nom

Séquence (5’ à 3’) ; en couleur verte : mutations spécifiques à l’Omicron

Taille (nombre de bases)

Omt-F

AACAAACCTTGTAATGGTGTTGC

23

Omt-R

TGCTGGTGCATGTAGAAGTTC

21

Omt-P

FAM-GATCATATAGTTTCCGACCCACTTATGGTGTTGGTC-BHQ1

36

Amplicon (contrôle positif)

AACAAACCTTGTAATGGTGTTGCAGGTTTTAATTGTTACTTTCCTTTACGATCATATAGTTTCCGACCCACTTATGGTGTTGGTCACCAACCATACAGAGTAGTAGTACTTTCTTTTGAACTTCTACATGCACCAGCA

138


Voici l'amorce inverse pour le gène RNase P en remplacement de l'amorce inverse CDC RNase P défectueuse causant des faux positifs et des problèmes de «contamination» dans les tests Covid-19 :
Amorce inverse CDC RNase P défectueuse: GAGCGGCTGTCTCCACAAGT
Nouvelle amorce correcte de Rob Dekker et co-auteurs de l'Université d'Amsterdam aux Pays-Bas:
RNase P (UVA) -R: GATAGCAACAACTGAATAGCCAAGGT
Nous recommandons vivement à tous de remplacer l'amorce défectueuse de CDC par l'amorce ci-dessus tirée de l'article de Rob Dekker et al. (lien vers l'article complet http://genseq-h0.science.uva.nl/download/Overhauling_a_faulty_CDC_SARS-CoV-2_rRT-PCR_control-UvA-vfin.pdf ). L'article explique également comment et pourquoi exactement l'amorce de CDC est défectueuse.

NOUVEAU: amorces et sondes COVID-19 utilisées dans différents pays du monde, selon l'OMS (Organisation mondiale de la santé)
Nom de l'amorce / sonde Séquence d'ADN (5 'à 3') concentration finale recommandée d'amorce / sonde (nM = nmol / litre) Amorces et sondes d'ADN offertes par Alpha ADN (Alpha DNA)
numéro de catalogue échelle de synthèse quantité minimale garantie d'ADN (oligonucléotides dessalés) Nombre de réactions par produit livré, volume de réaction PCR de    25 µl) Prix en $ u.s.
Amorces et sondes autorisées par le CDC (Atlanta, Géorgie) pour utilisation aux États-Unis :
2019-nCoV_Nl-F  GACCCCAAAATCAGCGAAAT 500 nM U1 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
2019-nCoV_Nl-R  TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG 500 nM U2 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 9.36
2019-nCoV_Nl-P  FAM-ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC-BHQ1 125 nM U3 200 nmol 50 nmol /10 OD >16000 88.36
2019-nCoV_N2-F  TTACAAACATTGGCCGCAAA 500 nM U4 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
2019-nCoV_N2-R  GCGCGACATTCCGAAGAA 500 nM U5 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.02
2019-nCoV_N2-P  FAM-ACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAG-BHQ1 125 nM U6 200 nmol 50 nmol /10 OD >16000 87.97
2019-nCoV_N3-F  GGGAGCCTTGAATACACCAAAA 500 nM U7 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.58
2019-nCoV_N3-R  TGTAGCACGATTGCAGCATTG 500 nM U8 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
2019-nCoV_N3-P  FAM-AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG-BHQ1 125 nM U9 200 nmol 50 nmol /10 OD >16000 88.36
RP-F RNAse P Forward AGATTTGGACCTGCGAGCG 500 nM U10 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
RP-R RNAse P Reverse GAGCGGCTGTCTCCACAAGT 500 nM U11 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
RP-P RNAse P Reverse

GAGCGGCTGTCTCCACAAGT (SVP

 évitez de commander cette amorce défectueuse

 de CDC et remplacez-la par l'amorce dans l'alerte

 de nouvelles ci-dessus) RNase P (UVA)-R:

 GATAGCAACAACTGAATAGCCAAGGT

 500 nM U11 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
RP-P RNAse P FAM-TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG-BHQ1 125 nM U12 200 nmol 50 nmol /10 OD >16000 87.97
 
Amorces et sondes utilisées en Chine continentale (新型 冠状 病毒 核酸 检测 引 物 和 探针 序列) :
Cible 1（ORF1ab）:              
正向引物 ORF1ab（F）： CCCTGTGGGTTTTACACTTAA 500 nM C1 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
反向引物 ORF1ab（R）： ACGATTGTGCATCAGCTGA 500 nM C2 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
荧光探针 ORF1ab（P）： FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1 150 nM C3 200 nmol 50 nmol /10 OD >13333 89.92
Cible 2（N）:              
正向引物 N（F）： GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT 500 nM C4 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.58
反向引物 N（R）： CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG 500 nM C5 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.58
荧光探针 N（P）： FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-BHQ1 150 nM C6 200 nmol 50 nmol /10 OD >13333 86.8
 
Amorces et sondes utilisées dans la région administrative spéciale de Hong Kong, Chine :
Assay 1 (Target: ORF1b-nsp14)
HKU-ORF1b-nsp14F TGGGGYTTTACRGGTAACCT 500 nM H1 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
HKU- ORF1b-nsp14R AACRCGCTTAACAAAGCACTC 500 nM H2 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
(HKU-ORF1b-nsp141P FAM-TAGTTGTGATGCWATCATGACTAG-BHQ1 250 nM H3 200 nmol 50 nmol /10 OD >8000 88.36
Assay 2 (Target: N)              
HKU-NF TAATCAGACAAGGAACTGATTA 500 nM H4 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.58
HKU-NR CGAAGGTGTGACTTCCATG 500 nM H5 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
HKU-NP FAM-GCAAATTGTGCAATTTGCGG-BHQ1 250 nM H6 200 nmol 50 nmol /10 OD >8000 86.80
               
Amorces et sondes utilisées au Japon :
1) Trousse ORF1a (PCR régulière, et non PCR en temps réel)
NIID_WH-1_F501 (S) TTCGGATGCTCGAACTGCACC 500 nM J1 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
NIID_WH-1_R913 (AS)  CTTTACCAGCACGTGCTAGAAGG 500 nM J2 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.97
NIID_WH-1_F509 (S)  CTCGAACTGCACCTCATGG 500 nM J3 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
NIID_WH-1_R854 (AS)  CAGAAGTTGTTATCGACATAGC 500 nM J4 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.58
NIID_WH-1_Seq_F519 (S)  ACCTCATGGTCATGTTATGG 500 nM J5 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
NIID_WH-1_Seq_R840 (AS)  GACATAGCGAGTGTATGCC 500 nM J6 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
2) Trousse S (PCR régulière, et non PCR en temps réel)
WuhanCoV-spk1-f (S)  TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT 500 nM J7 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 9.36
WuhanCoV-spk2-r (AS)  TGTGGTTCATAAAAATTCCTTTGTG 500 nM J8 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 9.75
NIID_WH-1_F24381 (S)  TCAAGACTCACTTTCTTCCAC 500 nM J9 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
NIID_WH-1_R24873 (AS)  ATTTGAAACAAAGACACCTTCAC 500 nM J10 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.97
NIID_WH-1_Seq_F24383 (S)  AAGACTCACTTTCTTCCACAG 500 nM J11 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 8.19
NIID_WH-1_Seq_R24865 (AS)  CAAAGACACCTTCACGAGG 500 nM J12 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.41
3) Amorces et sondes pour RT-PCR en temps réel
NIID_2019-nCOV_N_F2  AAATTTTGGGGACCAGGAAC 500 nM J13 200 nmol 50 nmol /10 OD >4000 7.80
NIID_2019-nCOV_N_R2  TGGCAGCTGTGTAGGTCAAC 700 nM J14 200 nmol 50 nmol /10 OD >2857 7.80
NIID_2019-nCOV_N_P2  FAM-ATGTCGCGCATTGGCATGGA-BHQ 200 nM J15 200 nmol 50 nmol /10 OD >10000 86.41
 
Amorces et sondes utilisées en Allemagne:
Assay 1 (RdRRP)
RdRP_SARSr-F2  GTGARATGGTCATGTGTGGCGG 600 nM G1 200 nmol 50 nmol /10 OD >3333 8.58
RdRP_SARSr-R1  CARATGTTAAASACACTATTAGCATA 800 nM G2 200 nmol 50 nmol /10 OD >2500 10.14
RdRP_SARSr-P2  FAM-CAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGC-BHQ1 100 nM G3 200 nmol 50 nmol /10 OD >20000 88.75
(la sonde ci-dessus est spécifique pour 2019-nCoV, ne détectera pas le SARS-CoV)
RdRP_SARSr-P1  FAM-CCAGGTGGWACRTCATCMGGTGATGC-BHQ1 100 nM G4 200 nmol 50 nmol /10 OD >20000 89.14
(la sonde ci-dessus est une sonde Pan-Sarbeco, détectera les CoV de type 2019-nCoV, SARS-CoV et bat-SARS)
Essai 2 (gène E) (cette trousse est identique à la trousse utilisée en France, tout comme la concentration finale des amorces et des sondes)
E_Sarbeco_F1  ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT 400 nM G5 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 10.14
E_Sarbeco_R2  ATATTGCAGCAGTACGCACACA 400 nM G6 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 8.58
E_Sarbeco_P1  FAM-ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG-BHQ1 200 nM G7 200 nmol 50 nmol /10 OD >10000 89.14
Essai 3 (gène N), voir https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6988269/
N_Sarbeco_F CACATTGGCACCCGCAATC 600 nM G8 200 nmol 50 nmol /10 OD >3333 7.41
N_Sarbeco_R GAGGAACGAGAAGAGGCTTG 800 nM G9 200 nmol 50 nmol /10 OD >2500 7.80
N_Sarbeco_P FAM-ACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCA-BHQ1 200 nM G10 200 nmol 50 nmol /10 OD >10000 88.75
 
Amorces et sondes utilisées en Thaïlande :
WH-NIC N-F  CGTTTGGTGGACCCTCAGAT 1000 nM T1 200 nmol 50 nmol /10 OD >2000 7.80
(l'amorce ci-dessus chevauche partiellement la sonde CDC 2019-nCoV_Nl-P)            
WH-NIC N-R  CCCCACTGCGTTCTCCATT 1000 nM T2 200 nmol 50 nmol /10 OD >2000 7.41
WH-NIC N-P  FAM-CAACTGGCAGTAACCA-BQH1 250 nM T3 200 nmol 50 nmol /10 OD >8000 85.24
 
Amorces et sondes utilisées en France (Institut Pasteur, Paris):
gène RdRp / nCoV_IP2
nCoV_IP2-12669Fw  ATGAGCTTAGTCCTGTTG 400 nM F1 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 7.02
nCoV_IP2-12759Rv  CTCCCTTTGTTGTGTTGT 400nM F2 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 7.02
nCoV_IP2-12696bProbe HEX-AGATGTCTTGTGCTGCCGGTA-BHQ1 160 nM F3 200 nmol 50 nmol /10 OD >12500 87.19
gène RdRp / nCoV_IP4
nCoV_IP4-14059Fw  GGTAACTGGTATGATTTCG 400 nM F4 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 7.41
nCoV_IP4-14146Rv  CTGGTCAAGGTTAATATAGG 400 nM F5 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 7.80
nCoV_IP4-14084Probe(+)  FAM-TCATACAAACCACGCCAGG-BHQ1 160 nM F6 200 nmol 50 nmol /10 OD >12500 86.41
gène E / E_Sarbeco (cette trousse est identique à la trousse utilisée en Allemagne, tout comme la concentration finale des amorces et des sondes)
E_Sarbeco_F1  ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT 400 nM F7 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 10.14
E_Sarbeco_R2  ATATTGCAGCAGTACGCACACA 400 nM F8 200 nmol 50 nmol /10 OD >5000 8.58
E_Sarbeco_P1  FAM-ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG-BHQ1 200 nM F9 200 nmol 50 nmol /10 OD >10000 89.14

 

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